Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Provinsi Bali dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 10 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat daerah yang merupakan unsur pelaksana Pemerintah Provinsi Bali yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Gubernur melalui Sekretaris Daerah dalam menentukan kebijakan.

Untuk melaksanakan tupoksi dan sasaran yang ingin dicapai tersebut Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Provinsi Bali memiliki susunan Organisasi sebagai berikut: (Struktur Organisasi)

1. Kepala Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Provinsi Bali.
2. Sekretariat.
   1. Kasubag Penyusunan Program, Keuangan, Evaluasi dan Pelaporan.
   2. Kasubag Umum dan Kepegawaian.
3. Bidang Bina Konstruksi
   1. Pengaturan Penyelenggaraan Jasa Konstruksi.
   2. Seksi Pengawasan Penyelenggaraan Jasa Konstruksi.
   3. Seksi Pemberdayaan Penyelenggaraan Jasa Konstruksi.
4. Bidang Tata Ruang
   1. Seksi Pengaturan dan Pembinaan Penataan Ruang.
   2. Seksi Pengendalian Penataan Ruang.
   3. Seksi Penertiban Penataan Ruang.
5. Bidang Sumber Daya Air
   1. Perencanaan SDA.
   2. Seksi Pelaksanaan SDA.
   3. Operasi dan Pemeliharaan SDA.
6. Bidang Bina Marga
   1. Perencanaan Teknis dan Evaluasi.
   2. Preservasi Jalan dan Jembatan.
   3. Seksi Pembangunan dan Peningkatan Jalan dan Jembatan.
7. Bidang Cipta Karya
   1. Perencanaan dan Pengendalian.
   2. Pelaksanaan Penataan Bangunan dan Lingkungan.
   3. Seksi Pengembangan Sistem Penyediaan Air Minum dan PLP.
8. UPTD. Balai Peralatan dan Pengujian
   1. Bagian Tata Usaha.
   2. Seksi Pengujian.
   3. Seksi Peralatan
9. UPTD. Pengelolaan Air Minum
   1. Sub Bagian Tata Usaha.
   2. Seksi Pelaksana Teknis.
   3. Seksi Monitoring dan Evaluas
10. UPTD. Pengelolaan Air Limbah
    1. Sub Bagian Tata Usaha.
    2. Seksi Pelaksana Teknis.
    3. Seksi Monitoring dan Evaluasi
11. Jabatan Fungsional
    1. Penyelia